昆明西南联大研究院附属学校拥有全省最为独特的课程体系。课程设置立足家国情怀、国际视野、联大精神的培养目标，为学生搭建全面发展、内容丰富的成长平台。学校紧紧围绕育人目标，设计出以核心课程为中心，领导力课程、综合课程和学生自创课程并重的四大课程模块。

　　核心课程是整个课程体系的中心，由基础类课程、拓展类课程、研究类课程三部分组成。其中基础类课程即为国家教育行政部门规定的统一课程。拓展类课程包括学校校本课程以及老师们开设的丰富多彩的选修课。其中，人文教育研究院开设的《西南联大史》作为校本课程，是每一位学子的必修课。老师们开设的《化学骗局》、《范说天下》、《世界数学大师》、《汉服青史》《中国志怪奇谈》、《篮球训练》、《吉他入门》等数十门趣味横生、意蕴丰富的选修课程极大地丰富了学生的学习生活。研究类课程是为学有余力或有特殊专长的学子提供的更深层次的研究性课程。比如，学校成立的“瓜籽”实验室、理化生实验室、3D打印实验室、机器人实验室等多功能实验室，为有志于科研的学子提供了最佳的平台。

　　领导力课程是昆明西南联大研究院附属学校独具特色的课程，为国家高品质人才奠基，旨在培养学生主动承担社会责任的意识和勇于担当的精神。围绕这一宗旨，学校开设了“毅行徒步”、“名家面对面”、“假期支教助学”、“志愿服务”等课程，帮助学生树立远大目标、锤炼意志品质，提升责任感和服务意识。

　　综合课程注重对学生综合素质的培养，包括STEAM课程，RAFT写作课程，DOK体系，空中课堂，研学旅行等。

　　学生自创课程是学生自己开设的课程。只要学生有一技之长或者在某一方面有强烈兴趣，老师就会给予学生专业的指导，帮助学生开设自己的课程。目前，学校高中生林渤皓、黄其松等同学已成功开设了自创课程。

　　昆明西南联大研究院附属学校的特色课程体系，注重学生基础的夯实与创新能力的培养，致力于学生才能和品德的全面发展。这种理念也在丰富多彩的学生活动中体现出来。